Annexin V 是检测早期细胞凋亡的最灵敏指标之一。正常细胞中，磷脂酰丝氨酸(PS)只分布在细胞膜磷脂双分子层的内侧，而在细胞凋亡早期，细胞质膜内侧的磷脂酰丝氨酸发生外翻，暴露于细胞质膜的外侧。Annexin V是一种与磷脂酰丝氨酸有高度亲和力的Ca²⁺依赖性磷脂结合蛋白，因此能够利用Annexin V与细胞外侧暴露的磷脂酰丝氨酸相结合的性质，检测细胞的早期凋亡。将Annexin V进行绿色荧光(EGFP)标记，以标记了的Annexin V-EGFP作为探针，利用流式细胞仪或荧光显微镜可检测细胞凋亡的发生。碘化丙啶(PI)是一种核酸染料，它不能透过具备完整细胞膜的正常细胞和早期凋亡细胞，但能够透过凋亡中晚期的细胞和坏死细胞的细胞膜而将细胞核染色，在特定激发光条件下呈现红色。

将Annexin V与PI匹配使用，就可以将处于不同凋亡时期的细胞区分开来。在双变量流式细胞仪的散点图上，若横坐标表示Annexin V信号，纵坐标表示PI信号，则左下象限(Annexin V-/PI-)代表活细胞；右下象限(Annexin V+ /PI-)代表早期凋亡细胞；右上象限(Annexin V+ /PI+)代表凋亡晚期细胞和坏死细胞；左上象限(Annexin V-/PI+)被认为是许可范围内的检测误差。